種子的內在質量難以控制是因為菌種在種子罐中的培養時間較短，可供分析的參數較少，所以，要想保住各級種子在移種前的質量，首先要保證種子在規定的培養條件，在生產中需測定PH值、酶活力、產品含量、培養基滅菌后糖、氨基酸、磷等的含量、顯微鏡下觀察菌絲形態、菌絲濃度和培養液的外觀色澤和顆粒等常規參數，定期取樣測定一些參數以觀察基質的代謝變化以及菌絲的形態是否正常。在發酵工業中保證生產菌種的穩定性是種子質量控制的首要標準，其次，要想獲得優良的種子，要保證無雜菌侵入，并提供種子培養的適宜環境。考察種子在發酵罐中所表現出來的生產能力是種子質量控制的最終指標。不同菌種、不同產品以及不同的工藝條件的種子質量有所不同。發酵工業常用的判斷種子質量的標準 有以下幾方面：細胞或菌體：種子質量的重要指標包括菌體濃度、菌體形態及培養液的外觀，而獲得足夠數量和健壯的菌體是種子培養的目的。采用顯微鏡觀察確定菌體的形態，以單個細胞為種子質量要求是菌體健壯、形態一致、均勻整齊。霉菌和放線菌等要求菌絲粗壯，對某些染料的著色力強、生產旺盛，菌絲分枝情況和內含物情況良好。種子質量重要指標還包括菌體生長量，生產上采用離心沉淀法、光密度法和細胞記數法等進行測定。種子的外觀如黏度、顏色等也可作為種子質最的粗略指標。生化指標：菌體生長繁殖、物質代謝反映表現在種子液的糖、氮、磷含量的變化和pH變化，不少產品的種子質量是以這些物質的利用情況及變化為指標的。產物生成：由于種子生產能力和成熟程度的反映是通過種子液中產物生成量，所以種子液中產物生成量也是多種發酵產品發酵中考察種子質量的重要指標。酶活力：種子液中某種酶的活力可能與產物的合成能力有一定關系，因此可作為判斷種子質量的依據。測定種子液中某種酶的活力作為種子的質量標準是一種較新的方法。本文參考《發酵工程原理及技術》一書。